Deze late gevolgen zijn soms ernstig, soms minder ernstig. In veel gevallen zijn ze echter onomkeerbaar. Chemotherapie tast ook de gezonde cellen aan met bijwerkingen als gevolg. Meestal verdwijnen deze snel na beëindiging van de therapie. Bepaalde middelen kunnen helaas blijvende nadelige gevolgen hebben die soms pas na jaren aan het licht komen.
Radiotherapie vernietigt kankercellen maar kan ook schade toebrengen aan gezond weefsel dat in of dicht bij het bestraalde gebied ligt. Omdat bestraling vooral de delende cellen, dus groeiend weefsel, aantast, is de kans op schadelijke gevolgen bij jonge kinderen relatief groot. Aanvankelijk lichte bijwerkingen worden na verloop van tijd ernstiger omdat het weefsel achterblijft in groei. Kinderen die radiotherapie en/of bepaalde vormen van chemotherapie hebben gekregen, hebben op latere leeftijd een licht verhoogde (wel zeer kleine) kans een tweede tumor te ontwikkelen. Soms spelen erfelijke eigenschappen hierbij een rol.
De gevolgen van een operatie zijn soms direct duidelijk, bijvoorbeeld als een amputatie of verwijdering van een orgaan nodig is. Soms geeft een operatie pas na verloop van tijd problemen, zoals na verwijdering van een nier.